Introduzione
Piattaforma ad elevate prestazioni che consente servizi di server, HPC, storage e cloud a supporto di tutti i gruppi di ricerca UniVR interessati. Storage di circa 750 TByte di spazio ridondato, mentre l’HPC dispone di nodi dotati di memoria e potenza di calcolo adeguati per condurre studi quali ad esempio quelli di dinamica molecolare, ricostruzione di dati genomici su larga scala, analisi proteomica e metabolomica, genomica computazionale, simulazione di sistemi robotici, pattern recognition per bioinformatica, modellazione di segnali multidimensionali per lo studio della microstruttura tissutale e connettività cerebrale, processing di grandi quantità di immagini e modelli 3D ad alta risoluzione, soluzione numerica di sistemi differenziali (ODEs e PDEs) di grandi dimensioni.
- high-performance computing (HPC) a livello locale mediante un’architettura di calcolo modulare, eterogenea (CPU/GPU), ed espandibile nel tempo
- sistema centrale di storage ad ampia capienza ed elevata efficienza e sicurezza per la fruibilità e la condivisione rapida di grandi moli di dati internamente a UniVR, espandibile nel tempo
- cloud privata per la realizzazione, in autonomia o su richiesta, di macchine e reti virtuali, servizi web e software
HPC - Descrizione
Nasce nel 2017 e nel tempo sono stati aggiunti vari componenti hardware principalmente DELL e CISCO,. Cluster Linux in ambiente Rocky/RedHat, gestito dal sw opensource OpenHPC e Workload manager Slurm.
12 nodi di calcolo di cui 2 con GPU Nvidia dedicata + 4 nodi di prossima acquisizione per sostituire i nodi obsoleti
HPC - Caratteristiche
- Totale unità di calcolo con OpenHPC a regime: 512 (256 core dual thread) + 384 (192 core dual thread) di prossima acquisizione per sostituire i nodi obsoleti
- Connettività infiniband fra i nodi per il calcolo parallelo multinodo
- Storage di 700TB, di cui liberi 390TB (dedicato ai dati oggetto di computazione HPC)
- Backup full + incremental a rotazione mensile
- Interfaccia da riga di comando
- Cartelle condivise via sftp
- Possibilità di personalizzare l'ambiente con svariati software (attualmente i pacchetti installati sono circa 200)
- Accessibile dalla rete di Ateneo o da remoto tramite VPN
HPC - Applicazioni attuali
- Calcolo sequenziale o parallelo su uno o piu' nodi
- Dinamica molecolare
- Ricostruzione di dati genomici su larga scala
- Analisi proteomica e metabolomica
- Genomica computazionale
- Simulazione di sistemi robotici
- Pattern recognition per bioinformatica
- Modellazione di segnali multidimensionali per lo studio della microstruttura tissutale e connettività cerebrale
- Processing di grandi quantità di immagini e modelli 3D ad alta risoluzione
- Soluzione numerica di sistemi differenziali (ODEs e PDEs) di grandi dimensioni
- Machine learning
- Laboratorio informatico per uso didattico accessibile da remoto
Cloud Openstack - Descrizione
Nasce nel 2018, nel tempo sono stati aggiunti vari componenti hardware principalmente DELL, HPE e CISCO. Infrastruttura Openstack in ambiente Linux Ubuntu.
11 server di cui: 3 controller, 6 nodi di calcolo con GPU Nvidia dedicata, 2 nodi di calcolo CPU + 4 nodi CPU di prossima acquisizione per aumentare le risorse
Cloud Openstack - Caratteristiche
- Totale unità di calcolo: 864 (432 core dual thread) + 336 (168 core dual thread) di prossima acquisizione
- Connettività interna in fibra 10Gb
- Storage di 62TB (di cui liberi 35TB) + 18TB di prossima acquisizione
- Backup settimanale delle macchine virtuali su base mensile + una copia del mese precedente
- Accesso alle macchine virtuali con o senza interfaccia grafica
- Accesso alla console Openstack su richiesta
- Possibilità di aprire porte verso la rete Univr e verso l'esterno (dietro approvazione area Networking)
- Possibilità di connettersi via sftp alle cartelle dello storage HPC
- Sistemi operativi Linux Ubuntu, Rocky, Windows (licenza da acquistare separatamente)
- Accessibile dalla rete di Ateneo o da remoto tramite VPN
Cloud Openstack – Serivizi erogati
- Macchine virtuali singole
- Pool di risorse su cui creare in autonomia macchine e reti virtuali
- Server RStudio fruibile via web su una macchina virtuale con le seguenti caratteristiche: 20 core, 128GBdi RAM e 1TB di storage
- Laboratori virtuali (Virtualab): attualmente sono a disposizione 210 macchine virtuali, analoghe ai pc dei laboratori informatici dell'area scientifica e fruibili dallo studente tramite interfaccia web; 40 macchine hanno a disposizione una vgpu Nvidia
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